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En tu tripa hay millones de microorganismos. Son la microbiota. FOTO: Freepik.

CUERPO

Diferencia entre flora intestinal, microbioma y microbiota (que es poca o ninguna)

Estos términos se usan de forma indistinta y hacen referencia a lo mismo (los microorganismos que nos habitan), pero hay matices científicos que los diferencian.

Por María Corisco

13 DE JUNIO DE 2025 / 07:30

Seguro que, en los últimos tiempos, has oído hablar más de una vez de las bacterias que pueblan tu intestino y de lo importantes que son para tu salud. Es un campo de la medicina que se ha desarrollado extraordinariamente en la última década, y su divulgación ha llegado a todos los rincones: redes sociales, anuncios de yogures, etiquetas de suplementos y hasta conversaciones de sobremesa. Pero tal vez no te hayas dado cuenta de que unas veces se habla de flora intestinal, otras de microbiota y, más recientemente, de microbioma. ¿Realmente son sinónimos?

De entrada, el contexto en el que se usan es siempre el mismo, la salud digestiva. Pero, aunque de forma coloquial es normal utilizarlos como si fueran términos intercambiables —al fin y al cabo, todos hacen referencia a los microorganismos del intestino—, lo cierto es que hay matices científicos que los diferencian.

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  • Flora intestinal: es un término antiguo y poco preciso que se usaba antes de descubrir la diversidad microbiana. Ten en cuenta que, en los primeros estudios del siglo XIX y XX, los microbios eran observados al microscopio y se clasificaban como parte del reino vegetal. Por eso se empezó a hablar de flora para designar al conjunto de bacterias que viven en nuestro organismo.
  • Microbiota: con el avance de la microbiología y la genética, se descubrió que muchas de estas formas de vida no tienen nada que ver con las plantas: no solo hay bacterias, sino también arqueas, hongos, virus e incluso protozoos. La microbiota se refiere a este conjunto de microorganismos vivos que habitan en un ambiente específico, como por ejemplo el intestino o la boca.
  • Microbioma: es un concepto más amplio que abarca no solo los microorganismos (es decir, la microbiota), sino también su material genético (los genes) y las interacciones con su entorno. Por ejemplo, se puede decir que el microbioma humano influye en la digestión, en el sistema inmune y hasta en el estado de ánimo.

¿Es incorrecto decir flora intestinal?

La confusión no es casual, explica la doctora Ana Palacios, especialista en Digestivo: «Responde a la evolución de la investigación en este campo y a cómo el lenguaje coloquial simplifica conceptos complejos. Así que, aunque flora intestinal todavía se usa popularmente, y todo el mundo te va a entender si lo dices, en ciencia y medicina se prefiere hablar de microbiota, porque refleja mejor la diversidad y naturaleza real de esos organismos».

La transición de un término a otro comenzó en los años 90-2000, pero se aceleró con proyectos como el Human Microbiome Project (2007-2016), que mapeó los microorganismos humanos.

  • Entre 2012 y 2015, estudios masivos demostraron que estos microorganismos no son meros habitantes pasivos, sino socios activos en la salud. El término flora (asociado a plantas) quedó obsoleto técnicamente.
  • La Organización Mundial de Gastroenterología (WGO) publicó en 2014 guías donde se eliminaba el término flora intestinal por impreciso.
  • En 2014, revistas como Nature y Science ya usaban casi exclusivamente microbiota (para referirse a los microorganismos) y microbioma (para su material genético).

Para complicarlo más, aparece el microbioma

Por si no tenías bastante con distinguir entre flora y microbiota, entra en escena un nuevo actor: el microbioma. Se trata de un paso más, ya que es el conjunto formado no solo por todos los microorganismos que viven en nuestro cuerpo (como bacterias, virus, hongos y arqueas), sino también por todo su material genético (los genes de esos microbios), los metabolitos que producen y las condiciones ambientales en las que se desarrollan. «Es decir, el microbioma incluye a la microbiota —la comunidad de microorganismos en sí—, pero va mucho más allá, abarcando el ecosistema completo: los microbios, su información genética y la interacción con el entorno en el que viven», señala la doctora Palacios.

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Por eso, el concepto de microbioma es más amplio que el de microbiota. «Si imaginas la microbiota como los habitantes de una ciudad, el microbioma sería toda la ciudad: sus habitantes, sus casas, las calles, las normas, la energía que consumen y todo lo que ocurre en ese entorno. Así, el microbioma ayuda a entender no solo quiénes son esos microorganismos, sino también qué hacen, cómo interactúan entre sí y con nuestro cuerpo, y de qué manera influyen en nuestra salud».

En definitiva, mientras que flora intestinal es un término antiguo que ya no refleja con precisión la composición de estos microorganismos, la microbiota se refiere específicamente a las comunidades de bacterias, hongos, virus y arqueas que habitan en nuestro cuerpo. Por su parte, el microbioma va más allá: abarca no solo los microbios, sino también sus genes, metabolitos y las interacciones con nuestro organismo.

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